Stage BAC+5 - Data Science (F/H)

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 55 ans, bioMérieux conçoit, développe, produit et commercialise des solutions de diagnostic (systèmes, réactifs, logiciels et services) destinées à des applications cliniques et industrielles, qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

bioMérieux est présente dans 44 pays et sert plus de 160 pays avec un large réseau de distributeurs. Elle réalise plus de 90 % de son chiffre d'affaires à l'international. Son siège social se situe à Marcy l’Étoile, près de Lyon.

Rejoindre les équipes de bioMérieux, c’est choisir une société innovante avec une vision long terme, engagée au service de la santé publique et portée par une culture d’entreprise humaniste.

bioMérieux recrute chaque année environ 170 candidats en stage pour les accompagner dans la réussite de leur diplôme.

Chaque stagiaire est accompagné par un tuteur expérimenté et formé, et bénéficie d’un suivi lors de son stage via des outils spécifiques.

Vous souhaitez contribuer à sauver des vies, partout dans le monde ? Rejoignez les 13 000 collaborateurs de bioMérieux !

Notre site de Marcy L'Etoile recherche un(e) stagiaire qui évoluera au sein du département Data Science

Sujet du stage:

La résistance aux antimicrobiens est un enjeu majeur de santé publique qui est au cœur de la stratégie de bioMérieux. La résistance bactérienne intervient en réponse à une mauvaise utilisation ou dosage des antibiotiques. Elle se manifeste par le développent de mécanisme de résistance via la mutation d’un gènes existant dans le génome de la bactérie ou via l’acquisition de nouveaux gènes.

Au sein du département Data Science, nous travaillons sur le développement de solutions de diagnostic innovantes, basées sur les technologies de séquençage haut débit pour adresser cette problématique par détection d’un caractère reconnu pour être associé à une résistance (gène, SNP) appelé ARD (Antibiotic Resistance Determinant) ou par des algorithmes d’apprentissage automatique.

L’objectif de ce stage est d’approfondir notre connaissance des ARD en leur attribuant un pouvoir prédictif à l’aide de jeux de donnés annotés, de systématiser ce type d’analyse au travers d’outils de visualisation, ainsi que d'améliorer la prédiction de résistance basée sur la détection d'ARD, en utilisant des méthodes d'apprentissage statistique multivariées (e.g., SVM, random forest) ou d'inférence de règles logiques.

Détails des missions:

• Prendre en main et compléter des jeux de données existants

• Prendre en main et continuer le développement d’un outil de visualisation interactif permettant la mise en évidence du pouvoir prédictif de chaque ARD (ARD = Antibiotic Resistant Derterminant, ici la présence d’une séquence ou d’une mutation particulière)

• Mettre en œuvre soit :

  • des méthodes d’apprentissage supervisé sur les jeux de données précités : SVM, random forest, ..

  • des règles logiques : à définir avec le stagiaire mais celles-ci doivent permettre par exemple d’interpréter la présence conjointe de séquences ou d’autres règles plus compliquées

afin d’améliorer les performances des détections simples d’ARD

Le but sont de décrire finement notre base de connaissances d’ARD pour implémenter d’éventuelles corrections et d’implémenter des méthodes (apprentissage ou règles logiques) pour voir s’il est possible d’améliorer les performances actuelles de la détection simple

Qui êtes-vous ?

Vous préparez une formation de niveau Master 2 ou en dernière année d’école d’ingénieur, avec une spécialisation en Data science ou en bioinformatique avec une mathématiques appliquées.

• Vous avez de bonnes connaissances :

  • des méthodes d’analyses génomiques ou metagénomiques (alignements, kmers, …)

  • des langages scripts Python, Perl, bash et des environnement linux

  • théorique des méthodes d’apprentissage multivariées (SVM, Random Forest, …)

• Une première expérience avec des outils de visualisation Web tels que Dash, Plotly, Flask, RShiny ou même directement des frameworks Javascript comme D3.js est souhaitée

• Vous êtes une personne autonome, rigoureuse avec une curiosité scientifique

• Vous avez une la capacité à lire des publications scientifiques écrites en anglais

• La connaissance du déploiement automatique d’application (CI/CD) et de la génomique bactérienne, notamment associée à la résistance, sont fortement appréciées

Durée du stage :  6 mois  
Contacts tuteurs : Stéphane Schicklin - [email protected] et Pierre Mahe - [email protected]

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

Les + :

-      Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.

-      Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.

-      Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

S’engager chez bioMérieux, c’est se projeter à long terme au sein d’une entreprise pionnière, visionnaire et en croissance qui permet à ses collaborateurs de vivre une expérience stimulante et enthousiasmante, dans une ambiance de travail épanouissante.

Contribuer à améliorer la santé publique partout dans le monde : une mission qui donne du sens à tous les métiers exercés dans l’entreprise !