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Stage BAC+5 - Data Science Theorie des graphes (F/H)

Location: Grenoble, France
Position Type: Trainee/Intern
Job Function: Bioscience R&D

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 55 ans, bioMérieux conçoit, développe, produit et commercialise des solutions de diagnostic (systèmes, réactifs, logiciels et services) destinées à des applications cliniques et industrielles, qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

bioMérieux est présente dans 44 pays et sert plus de 160 pays avec un large réseau de distributeurs. Elle réalise plus de 90 % de son chiffre d'affaires à l'international. Son siège social se situe à Marcy l’Étoile, près de Lyon.

Rejoindre les équipes de bioMérieux, c’est choisir une société innovante avec une vision long terme, engagée au service de la santé publique et portée par une culture d’entreprise humaniste.

bioMérieux recrute chaque année environ 170 candidats en stage pour les accompagner dans la réussite de leur diplôme.

Chaque stagiaire est accompagné par un tuteur expérimenté et formé, et bénéficie d’un suivi lors de son stage via des outils spécifiques.

Vous souhaitez contribuer à sauver des vies, partout dans le monde ? Rejoignez les 13 000 collaborateurs de bioMérieux !

 

 

 

 

 

Nous recherchons un stagiaire qui évoluera au sein du département « System Développement », dans le service de Data Science spécialisé dans les applications en biologie moléculaire et séquençage.

 

 

Votre mission chez bioMérieux

 

La biologie moléculaire regroupe l’ensemble des méthodes permettant d’isoler, manipuler et caractériser des séquences d’ADN et/ou d’ARN, afin de détecter et identifier des pathogènes à l’origine de maladies infectieuses ou des contaminations alimentaires à partir d’un échantillon.

Ces techniques nécessitent une étape de préparation de l’échantillon pour en extraire les séquences d’ADN ou ARN cible, puis une étape d’amplification PCR[i] qui consiste à les dupliquer pour les détecter.

 

bioMérieux commercialise des tests basés sur des réactions de PCR multiplex permettant de détecter plusieurs pathogènes simultanément dans un même échantillon clinique ou industriel.

 

Afin d’aider au développement de ces tests, un instrument virtuel (“jumeau numérique”) capable de simuler in silico une amplification PCR multiplex a été mis au point. En sortie, l’ensemble des réactions probables entre molécules sont identifiées.

Les fondements mathématiques du modèle donnent accès aux relations entre les molécules impliquées dans le mix réactionnel. Ce réseau peut être représenté sous la forme d’un graphe. L’utilisation de méthodes avancées basées sur la théorie des graphes permettrait d’analyser plus facilement ces réactions entre molécules qui peuvent former un réseau complexe à analyser visuellement.

 

Détails des missions:

  • Proposer de nouvelles représentations des réactions entre molécules à l’aide de la théorie des graphes

  • Proposer des métriques pertinentes permettant de synthétiser les informations d’un réseau de réactions

  • Exploiter la représentation sous forme de graphes et les outils d’analyse associés pour rationaliser le problème et aider à l’amélioration de l’outil de simulation numérique

  • Tester les propositions sur différents jeux de données en lien avec des biologistes

  • Contribuer au développement d’un outil ou d’un composant du simulateur existant afin de générer automatiquement les graphes et les métriques associées

 

 

Qui êtes-vous ? 

 

  • Vous préparez une formation de niveau Master 2 en informatique et mathématiques appliquées et un intérêt marqué pour la biologie.

  • Vous avez les compétences requises suivantes :

    • Théorie des graphes

    • Matlab et/ou python (cytoscape serait un plus)

    • Anglais lu, écrit et parlé

  • Vous êtes une personne autonome avec une aisance dans la communication. Une bonne capacité de synthèse et de rigueur.

 

 

Durée du stage :  6 mois  

Lieu du stage site de bioMérieux Grenoble ou bioMérieux Marcy l’étoile
Contacts tuteurs : Céline Vidal - [email protected] et Romain Pogorelcnik - [email protected]

 

 


[i] Polymerase Chain Reaction

 

 

 

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

 

Les + :

-      Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.

-      Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.

-      Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

 

S’engager chez bioMérieux, c’est se projeter à long terme au sein d’une entreprise pionnière, visionnaire et en croissance qui permet à ses collaborateurs de vivre une expérience stimulante et enthousiasmante, dans une ambiance de travail épanouissante.

Contribuer à améliorer la santé publique partout dans le monde : une mission qui donne du sens à tous les métiers exercés dans l’entreprise !

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