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Stage BAC+4 - Data Sciences - Taxonomie SNOMED (F/H)

Location: Grenoble, France
Position Type: Trainee/Intern
Job Function: Bioscience R&D

bioMérieux S.A. 

Stage BAC+4 - Data Sciences - Taxonomie SNOMED (F/H) 

 

 

 

Nous recherchons pour le département industrialisation de Grenoble, un(e) stagiaire qui évoluera au sein de service EU Data Sciences.

 

Objectif du stage :

 

Les systèmes produits par bioMérieux communiquent avec des systèmes externes comme les LIS (Laboratory Information System). Les éléments échangés sont des identifiants de tests et des identifiants de résultats de test. Ces identifiants doivent être compris à la fois par les systèmes produits par bioMérieux et par les systèmes externes. Il est donc nécessaire d’utiliser un standard. Un des standards choisi est SNOMED CT, une terminologie complète de termes médicaux utilisée pour l’interopérabilité entre les systèmes. Un outil a été développé pour permettre le mapping entre les identifiants de bioMérieux et les identifiants de SNOMED CT. L’outil actuel demande d’effectuer un mapping manuel en interrogeant des sources externes lorsqu’un mapping direct entre les termes bioMérieux et SNOMED CT n’est pas possible. Ce mapping manuel demande beaucoup de temps (plusieurs centaines de termes), est fastidieux et source d’erreurs. 

 

Votre mission chez bioMérieux:

 

  • Automatiser l’étape de mapping manuelle 

    • Soit en interrogeant des bases externes comme DSMZ en utilisant des API. 

    • Soit en interrogeant une base de graphe développée par bioMérieux permettant des associations entre différentes sources taxonomiques. 

  • Permettre l’utilisation en mode batch de l’outil (au lieu du mode interactif) 

 

Qui êtes-vous ? 

 

  • Vous préparez une formation niveau BAC+4 en informatique et mathématiques appliquées et un intérêt marqué pour la biologie
  • Vous êtes familier avec les programmes Python et shell 
  • Vous avez des compétenes techniques en utilisation API WEB 
  • Vous avez des connaissances des bases graph
  • Vous avez un très bon niveau d'anglais écrit et oral
  • Vous êtes autonome et rigeureux(se) avec une bonne capacité de synthèse
  • Vous avez une aisance dans la communication
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